许多药物可通过母体血流经胎盘进入胎儿体内，对胎儿产生不良影响；有些药物则可能直接导致胎盘功能降低，影响胎儿的正常发育。孕妇如果用药不当，往往会引起流产或使胎儿患有功能性疾病，甚至造成先天性畸形。
由药物引起的胎儿损害或畸形，一般都发生在妊娠期的头三个月内，特别是前8个星期内最为突出。因为着床后的受精卵已开始分化，并逐渐形成不同的组织和器官的雏形。在这个重要阶段，如果孕妇用了某些药物，一些组织和器官的细胞就会停止生长发育，从而导致胎儿身体残缺不全出现畸形。
药物导致胎儿畸形的原因主要有以下几个方面：
1. 基因突变：人的遗传信息是由细胞染色体上的基因所携带的。基因是遗传物质，能将父母的特征遗传胎儿。在胚胎分化期，可由于药物的作用，引起胚胎某些组织的细胞染色体基因发生突变，从而造成畸胎。
2. 染色体畸变：正常细胞中的染色体，其结构、形状、数目、位置等都是固定的。而受到药物作用后，染色体会发生缺损、断裂、倒置、错位、重复等变化，导致胎儿畸形。
3. 蛋白质合成障碍：胚胎细胞中的核酸有两种，一种是脱氧核糖核酸（DNA），另一种是核糖核酸（RNA）。它们在遗传、蛋白质和酶的合成等方面都有极其重要的作用，若受到药物的干扰，蛋白质的合成就会发生故障，进而导致畸胎。
4. 干扰细胞的有丝分裂：受精卵的分裂方式是有丝分裂，其特点是在细胞分裂的地程中出现纺锤丝。若有药物妨碍纺锤丝的形成，将会影响细胞的正常增殖，导致畸胎。
5. 营养、代谢失常：有些药物服用后，会引起母体内某些必要物质的短缺或代谢失常，影响胚胎的正常发育生长，致使胎儿发生畸形。
药物对胎儿的影响程度，主要取决于药物的性质、剂量、疗程长短、毒性的强弱、胎盘的渗透性以及胎儿对药物的敏感性等因素。
妊娠期间，即使对母体不致造成危害的药物，对胎儿也可能产生损害作用。这主要是由于胎儿的器官功能尚不完善的缘故。
为了保障母子的安全，孕产妇的用药必须谨慎、合理。应尽量少用或不用药。必须用药时、应在医生指导下使用，切不可滥用。